@Wellington_Correia de uma olhada nestas duas postagens que fiz:
Eu sempre ajo de maneira transparente com as contratadas e isto tem acarretado em atitudes recíprocas, o que tem tornado as relações bem salutares. Então, no seu caso eu, primeiramente, faria o ajuste na planilha antes de proceder a repactuação, procedendo a alteração do 2.2 ajustando Lucro ou Custos Indiretos, para manter o valor da proposta. Depois de ajustada, faria o cálculo da repactuação, informando isto a contratada anexando isto no processo.
Uma outra forma, não tão justa a meu ver, é você fazer o ajuste na planilha inicial (ficará com o mesmo preço) e depois calcular as repactuações nos 2 modelos, ou seja, com o Submódulo 2.2 certo e errado (teoricamente).
Se com o modelo correto for mais caro o contrato, pode deixar do jeito que está, pois a contratada é responsável por eventuais equívocos na planilha, e por isso escrevi o teoricamente acima, já que a planilha é um instrumento acessório ao contrato, contudo se o modelo correto (2.2 incidindo sobre o 1 e o 2.1) for mais barato, aí seria obrigatória a alteração, pois a administração estaria pagando mais do que deve.