Morgana, acredito que a relação com as empresas deve prezar sempre pela confiança mútua, isto transforma os contratos mais salutares e duradouros.
Dito isto, temos que o objetivo da administração deve ser sempre pagar o menor preço pelo melhor serviço, entretanto a economia não pode estar atrelada a uma interação desleal com as contratadas. Tem pessoas que defendem que só devemos conceder o que a empresa pede mas discordo deste ponto de vista, já que a relação trabalho x remuneração não ficará balanceada se ignorarmos estás falhas, que certamente não foram propositais. Da mesma forma como temos na administração pessoas sem experiência trabalhando nas contratações e fiscalizações dos contratos, com o crescimento da participação das empresas nas contratações públicas este problema certamente também está presente na iniciativa privada.
Agora pergunto, se fosse ao contrário e a empresa tivesse pedido algo a mais que não caberia pagar você não faria o contato e pediria o ajuste? Acredito que sim. Então se você tem ciência do erro e quer manter uma relação de confiança com a contratada, porque não alertá-la dos erros identificados.
Pense que mesmo não pedindo a empresa vai ter que pagar isto aos funcionários, então terá prejuízo, mesmo que pequeno, o que pode influenciar na boa execução do contrato. Além disso, pensando também no lado social, poderá causar a demissão das pessoas que erraram, sei que não temos esta obrigação mas evidentemente que não queremos o mal de ninguém.
Então não vejo mal algum em alerta-los, com certeza você ganhará a confiança deles e mesmo que sua intenção não seja está, talvez realizem até com mais apreço o serviço.