Não sei se entendi muito bem.
Mas se a ideia é apenas expurgar todas as rubricas que formem o custo da substituição por férias, eu ainda seria muito cauteloso. Explico:
Usualmente se utiliza os percentuais de 2,78% no módulo 2.1-B e 8,33% no módulo 4.1-A.
Se esse for o seu caso, para um contrato de 12 meses (ignorando o fato que um colaborador não iria usufruir de férias nos 12 primeiros meses de contrato - salvo já empregado pela licitante vencedora em outro contrato), e sendo essas rubricas zeradas, não haveria correspondente dotação orçamentária para o pagamento das “Férias devidas na Rescisão” (verbas rescisórias) do titular.
Imagine que o contrato de 12 meses não seja prorrogado. De onde sairá o valor provisionado para esse custo?
Ainda que o contrato seja prorrogado, sempre terá essa lacuna.
Porém, nesse seu caso específico, é importante frisar que a dotação do Módulo 1 - Remuneração, no mês de gozo de férias, é utilizada para o pagamento dessa mesma ocorrência, mas sem o acréscimo, por óbvio, do 1/3. Ou seja:
- No seu primeiro ano, precisaria de 11,11% para custear as "Férias devidas na Rescisão (8,33%) + 1/3 (2,78%).
Já para os próximos anos, o cálculo dependerá o gozo das férias:
- Se no segundo não houver gozo de férias (a exemplo do colaborador ser desligado e haver nova contratação, com nova contagem de temo do período aquisitivo), precisaria, ainda, de nova provisão de 11,11% para custear as novas provisões de "Férias devidas na Rescisão, visto que se poderia acumular 24* meses sem gozo.
- Já se no segundo ano (e seguintes) houver gozo de férias, precisaria apenas dos 2,78% para o 1/3 de férias do titular, visto que as férias seriam pagas mediante a rubrica do módulo 1, e assim segue para os anos seguintes (considerando que o colaborador será obrigado a usufruir suas férias).
Isso se deve ao fato de que quando há o gozo das férias, o módulo 1 compensa esse custo. Ou seja, em anos que haja efetivo gozo de férias, o percentual da Planilha deveria ser reduzido.
Imaginemos um caso em que a cada 12 meses o colaborador é desligado e contratado outro – em 60 meses, 5 colaboradores diferentes. Nessa situação o percentual de 11,11% deveria ser mantido até o final do contrato, a fim de que se consiga orçamento para custear as verbas rescisórias de todos os colaboradores.
Diante do exposto, sugiro que se mantenha os 11,11%, e, a cada prorrogação, se verifique (infelizmente ‘manualmente’), se houve gozo de férias naquele ano, para que então se ajuste o percentual como custo não renovável, nos termos da Nota 3 do item **2.1 do ANEXO VII-D da IN 5/2017** :
Nota 3: Levando em consideração a vigência contratual prevista no art. 57 da Lei nº 8.666, de 23 de junho de 1993, a rubrica férias tem como objetivo principal suprir a necessidade do pagamento das férias remuneradas ao final do contrato de 12 meses. Esta rubrica, quando da prorrogação contratual, torna-se custo não renovável. (Incluído pela Instrução Normativa nº 7, de 2018)
Registro que para casos normais (com reposição), não sou favorável pela utilização da Nota citada acima - que enfim acho que achei alguma justificativa para utilização 
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Por fim, fiz alguns exemplos práticos (Ceteris Paribus) que comprovam essas situações, vejamos:
Salário de R$ 1.000,00
1) Contrato de 12 meses, prorrogado por apenas mais 12 meses.Se o colaborador titular for desligado no 20º mês, sem usufruir de férias, deverá receber R$ 2.222,22 ((R$ 1.000,00 ÷ 12 x 20) + 1/3) de verbas rescisórias de férias.
Já o novo substituto, ao final do contrato, receberá 4 meses dessas mesmas verbas ao valor de R$ 444,44.
Assim, os 11,11% (R$ 111,11 ao longo 24 meses) acumulados corresponderiam exatamente aos R$ 2.666,66 (R$ 2.222,22 + R$ 444,44) desembolsados.
2) Contrato de 12 meses, prorrogado por apenas mais 24 meses.
Se o colaborador titular usufruir de férias no 20º mês, deverá receber R$ 1.333,33 (R$ 1.000,00 + 1/3), sendo que desse valor será utilizado R$ 1.000,00 do módulo 1, restando a diferença de R$ 333,33.
Se o colaborador titular for desligado no 30º mês, sem novo gozo de férias, deverá receber R$ 2.000,00 ((R$ 1.000,00 ÷ 12 x (30 - 12)) + 1/3) de verbas rescisórias de férias.
Já o novo substituto, ao final do contrato, receberá 6 meses dessas mesmas verbas ao valor de R$ 666,66.
Assim, os 11,11% (R$ 111,11 ao longo 24 meses) corresponderia a R$ 2.666,66 e os 2,78% (R$ 27,80 ao longo de 12 meses), corresponderia a R$ 333,33, perfazendo um total de R$ 3.000,00, exatamente o que seria desembolsados (R$ 333,33 + R$ 2.000,00 + R$666,66).
Outros exemplos:
Cálculos Artigo (1).xlsx (44,0,KB)
Sugiro, aproveitando, a leitura do tópico Submódulo 4.1 - Substituto nas Ausências Legais da Planilha de Custo - #9 por Luan_Lucio.
Deixo aqui abaixo também um estudo que fiz sobre essa parte de férias (páginas 9 a 12) que acho que fundamenta o que sugeri acima.
SEI_PF - 23617330 - Minuta.pdf (3,6,MB)