Saudações!
Simples, Não haverá pagamento nesses dias onde o serviço não foi prestado. A falta por motivo justificado é uma questão do funcionário com a empresa, que por sua vez, prestará contas a administração. Se não se exige substituição nesses períodos curtos de ausência, então não há mais a se fazer além da glosa pelo dia ou horas de serviços não prestados. Bastará prever no contrato e Termo de Referência essa circunstância.
Chamo a atenção para essa questão do contrato ser entre administração e empresa, porque na terceirização, infelizmente, somos tentados a botar os funcionários “debaixo da asa”, como se fossem contratados diretos da administração pública e, por isso, as vezes, não separamos o que é ônus da empresa e o que não é. Este caso em específico, parece impactar “negativamente” a empresa contratada, porque ela deverá pagar o funcionário ainda que diante da falta (justificada) e mesmo assim não receberá da administração por esses dias ou horas não trabalhadas. Mas isso é plenamente aceitável e razoável, devendo a empresa ponderar esses riscos, que convenhamos, não são lá grande coisa. Só o fato de não ter que substituir o funcionário, já representará uma economia logística enorme, acredite!
Do ponto de vista administrativo mesmo, considero extremamente acertada a decisão de não exigir substituições para afastamentos curtos em serviços técnicos especializados. Essas funções demandam ambientação, rotina e uma curva de aprendizado até que o profissional atinja um nível de maturação adequado, ainda que terceirizado. A substituição nesses casos é algo meramente formal, sem qualquer ganho real para a administração. Ainda que a ausência por um ou dois dias represente um impacto pontual, trazer um funcionário sem o devido preparo para “cumprir tabela” acaba sendo inócuo, estressante para quem vai ter que ensinar (servidores muitas vezes) e, consequentemente, muito contraproducente.
Situação diferente a gente enxerga nos serviços que são a cara da típica terceirização mesmo (sem exigência de pessoalidade), como são, na maioria esmagadora dos casos, os contratos de limpeza, portaria, vigilância, etc. Não digo que não há rotina para esses tipos de trabalho ou que eles não exijam algum nível de aprendizado, obviamente, mas a lógica pra mim é simples: por não se tratar de serviços técnicos, não há nada tão específico que o funcionário faça num posto que ele não fará em outro. Um profissional da limpeza, por exemplo, que está acostumado a higienizar um determinado ambiente, não terá dificuldades em desempenhar a mesma função em outro local. A natureza da atividade permite maior flexibilidade na reposição de mão de obra sem comprometer a eficiência do trabalho. Então nesses casos, a falta de alguns dias acaba sendo impactante, diferente do primeiro caso, já que o custo da substituição certamente superará, em muito, o efetivo ganho (contraproducente, em seu mais puro significado).
Abraço!