Bom saber que a metodologia de construção da planilha de custos de referência não é tão óbvia assim. Vou analisar essa planilha que você tá indicando para enriquecer meu entendimento.
Quando falei percentuais eu me referi justamente às rubricas que não são fixadas em legislação e que o licitante pode definir de acordo com sua realidade e estatísticas próprias.
Com relação a você não ver diferença entre as planilhas de custos do fato gerador e conta vinculada eu discordo. Existe uma diferença muito grande! Vou citar apenas uma: na conta vinculada o percentual referente a Férias+1/3 é 12,10%, na conta vinculada é 11,11%. Aprendi isso numa empresa de terceirização que trabalhei. Depois li o tópico aqui no nelca e confirmei esse entendimento, você ate participou dessa discussão: