A questão já foi tratada em outro tópico: Declarar ME/EPP em licitações que não há o benefício é fraude? - #5 de alex.zolet
Adianto que, independente de ter se beneficiado ou não da declaração, o TCU recomenda que se puna:
Acórdão 1677/2018 Plenário - A mera participação de licitante como ME ou EPP, amparada por declaração com conteúdo falso, configura fraude à licitação e enseja a aplicação das penalidades da lei, não sendo necessário, para a configuração do ilícito, que a autora da fraude obtenha a vantagem esperada. Acórdão n. 1702/2017 – Plenário - Data da sessão: 09/08/2017; Relator: Walton Alencar Rodrigues.
A lógica me parece ser que os sistemas são parametrizados de acordo com essa declaração, então muitas vezes, empresas que não fazem jus ao benefício e declaram fazer, acabam tirando a oportunidade de outras licitantes que eventualmente fariam de fato jus, já que o sistema deixa de identificar ME/EPP para desempate, já que uma nesta condição está tendo sua proposta analisada. Querendo ou não, a empresa que declara fazer jus ao benefício não fazendo, se beneficia de alguma forma.