Excelente discussão!
Para ajudar no enriquecimento do assunto, acho que devemos considerar uma questão terminológica que parece boba, mas no final das contas pode mudar totalmente as conclusões aqui já colocadas. Trata-se do conceito legal de contrato.
Falou-se em substituição do contrato pela Nota de Empenho, como se fosse possível existir alguma contratação pública sem contrato. Não é possível, gente! E a Nota de Empenho não substitui o contrato. Ela é contrato para TODOS os fins da Lei nº 8.666, de 1993, que deixa expresso o conceito de contrato nos seguintes termos:
Art. 2º, Parágrafo único. Para os fins desta Lei, considera-se contrato todo e qualquer ajuste entre órgãos ou entidades da Administração Pública e particulares, em que haja um acordo de vontades para a formação de vínculo e a estipulação de obrigações recíprocas, seja qual for a denominação utilizada.
Ao ler a expressão “Para os fins desta lei”, a minha conclusão é de que não há nenhuma possibilidade legal de contratação pública sem contrato. E por mais que para muitos isso possa parecer absurdo, é uma tese defendida inclusive por doutrinadores como o professor Marçal Justem Filho, citado pelo professor Dawison Barcelos no item 50 do Parecer Jurídico da Conjur do TCU, já postado aqui no Nelca:
[a] expressão “instrumento de contrato” indica a solução formal padrão, destinada especificamente a documentar a avença e caracterizada pela completude e minúcia no detalhamento das condições pactuadas. (…)
Não é correto reputar que, nas hipóteses em que inexistir instrumento de contrato, também não haveria um contrato administrativo.
A existência do contrato administrativo não depende da forma adotada para sua formalização. Existe contrato administrativo mesmo quando documentado por via da assinatura de uma nota de empenho. Aperfeiçoa-se o contrato administrativo quando completados os atos jurídicos necessários à formalização que exterioriza o acordo de vontades.
O Art. 62 da Lei nº 8.666, de 1993, trata substituição do instrumento de contrato pela Nota de Empenho ou instrumento equivalente, mas note que tanto o instrumento de contrato, quanto a Nota de Empenho, quanto quaisquer outros instrumentos equivalentes, são todos igualmente contrato.
Art. 62. O instrumento de contrato é obrigatório nos casos de concorrência e de tomada de preços, bem como nas dispensas e inexigibilidades cujos preços estejam compreendidos nos limites destas duas modalidades de licitação, e facultativo nos demais em que a Administração puder substituí-lo por outros instrumentos hábeis, tais como carta-contrato, nota de empenho de despesa, autorização de compra ou ordem de execução de serviço.
E, por fim, notem que a substituição do termo ou instrumento de contrato pela Nota de Empenho não é restrita às hipóteses previstas no §4º do Art. 62. Ou seja, não é restrita aos casos de compra com entrega imediata a integral. O próprio caput do Art. 62 trata da possibilidade de substituir o instrumento de contrato por outro instrumento equivalente, simplesmente com base no valor da contratação, se esta for de valor abaixo do limite para a Concorrência. A hipótese do caput do Art. 62 inclusive não é restrita a compras, como o é o §4º.