Olá, @Simone.Otoxiep !
Eu habilitaria, pois o objetivo da licitação é a coleta da proposta mais vantajosa para a Administração.
Em situação semelhante, na etapa de aceitação da proposta, o Prof. @FranklinBrasil muito bem aconselhou: Intempestividade no Envio de Proposta Atualizada - #3 de FranklinBrasil