Anulação de empenho e reconhecimento de dívida

Gostaria de auxílio na seguinte situação.

Seguidos todos os ritos de uma inexigibilidade de licitação (art. 25, inciso II), emitimos a Nota de Empenho para contratação de um serviço a ser fornecido por pessoa jurídica estrangeira no valor estimado de R$ 4.082,58.

Ocorre que, a pedido da área técnica requisitante por questão de conveniência, procedemos à anulação do empenho.

Após anulado o empenho, a área técnica não entrou em contato com essa pessoa jurídica para informar quanto a desistência do serviço. Sendo assim, a pessoa jurídica que não estava ciente da anulação, iniciou o primeiro passo da execução do serviço, que consiste no encaminhamento de uma amostra laboratorial. Sendo assim, entendo que o pagamento tem de ser realizado, já que ela não teve culpa.

Nesses termos, em que havia um empenho anterior que foi anulado e é um serviço de pequena monta, seria o caso de reconhecimento de dívida?