Sugiro a leitura desse tópico
Problemas nova versão do Pregão no sistema comprasnet
Ali ficou claro que é preciso dar publicidade plena aos documentos de habilitação, para atender ao princípio da transparência e permitir o controle social.
Se os documentos não são disponibilizados automaticamente no sistema utilizado, deve-se buscar alternativa que permita garantir a publicidade. No tópico que citei há sugestões sobre como fazer isso.