@GuilhermeSSA a Lei 8666/93 traz:
Art. 77. A inexecução total ou parcial do contrato enseja a sua rescisão, com as conseqüências contratuais e as previstas em lei ou regulamento.
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Art. 81. A recusa injustificada do adjudicatário em assinar o contrato, aceitar ou retirar o instrumento equivalente, dentro do prazo estabelecido pela Administração, caracteriza o descumprimento total da obrigação assumida, sujeitando-o às penalidades legalmente estabelecidas.
A empresa participou do certame sabendo de todas as condições às quais estará sujeito, nada mais havendo a discutir no momento da formalização, logo ela não pode recusar a supressão se está estiver dentro disse limites legais.
O primeiro passo dever ser o diálogo, informar as fundamentações, cálculos, e até às justificativas, mesmo sendo possível por ato unilateral, afinal devemos sempre prezar por um relacionamento saudável.
Não surtindo efeitos, caberia notificação, com prazo para assinatura (previsto no edital) ressaltando que o não comprimento ensejará a abertura de processo de descumprimento contratual.
Não cumprido o prazo, caso a autoridade ainda não o tenha feito, eu pediria pra que esta assinasse, assim como de duas testemunhas, até para que futuramente esta data possa ser considerada para fins de cálculo de algum ressarcimento aos cofres públicos e demandaria, de imediato, a abertura de processo de descumprimento contratual.
Além disso, os interesses representados pela Administração Publica, estão previstos no Art. 37 da Constituição Federal Brasileira, e se aplica na atuação do princípio da supremacia do interesse público. Por tal princípio entende-se, que sempre que houver conflito entre um particular e um interesse público coletivo, deve prevalecer o interesse público.
O que vejo neste caso amolda-se plenamente a esta situação, talvez fosse o caso de solicitar a manifestação de sua consultoria, a fim de verificar a possibilidade de publicar o extrato no Diário Oficial, para que o ato surta efeito, nos temos do ART. 61 da Lei 8666:
Parágrafo único. A publicação resumida do instrumento de contrato ou de seus aditamentos na imprensa oficial, que é condição indispensável para sua eficácia, será providenciada pela Administração até o quinto dia útil do mês seguinte ao de sua assinatura, para ocorrer no prazo de vinte dias daquela data, qualquer que seja o seu valor, ainda que sem ônus, ressalvado o disposto no art. 26 desta Lei.
Esse seria o caso excepcional, porém o mais importante é você iniciar nova instrução, pois se para aceitar a empresa já deu tudo esse trabalho, certamente não aceitará a renovação.