Entendi.
Continuo acreditando que a Orientação da SEGES é a melhor referência:
3.2. De posse das informações solicitadas [composição dos respectivos custos contratuais], o órgão/entidade avaliará se os valores apresentados pela empresa contratada são pertinentes.
3.3. Verificadas as informações prestadas pela contratada, o órgão/entidade procederá à revisão dos referidos contratos, considerando os valores e percentuais pertinentes acordados.
3.4. Também se aplica aqui as demais orientações do item 2, no que couber.
No item 2, consta:
fazer a conferência do pedido de revisão, verificando se os valores apresentados refletem corretamente as alíquotas da CPP e da CPRB, devendo-se adotar exclusivamente os percentuais legalmente aplicáveis no(s) período(s)
Então, me parece que o próximo passo, depois de apresentada a “planilha com as alterações das alíquotas” é verificar, primeiro, se a composição de custos faz sentido. Afinal, não tinha planilha quando se contratou e agora, a empresa não pode apresentar uma composição de custos irreal, desproporcional em relação à realidade do contrato, como, por exemplo, apresentando mais peso dos custos de pessoal do que seria razoável aceitar em função da dinâmica de execução do contrato. Imagine que a empresa diga, agora, que 95% dos custos são de mão de obra, enquanto a realidade contratual aponta para uma proporção bem menor. É essa razoabilidade inicial da composição dos custos que me parece o primeiro passo de análise.
Em seguida, aceita a composição de custos, passa-se à análise das alíquotas da CPP e da CPRB, em função do enquadramento tributário específico da empresa.
Eventuais dúvidas, incoerências, comprovações, decorrentes das análises, terão que ser objeto de diligência.