@anapugliese não cabe a repactuação, neste tópico abaixo o @ronaldocorrea cita um Acórdão do TCU que deixa isso bem claro.
Acontece que a empresa está “jogando verde pra colher maduro”, ela sabia dessa regra tanto que saiu do Simples e como ela não é obrigada a aceitar a renovação, está tentando forçar a barra, agora não dá pra saber se é blefe ou verdade.
Assim, não digo que seria impossível conceder o ajuste, mas não por apostilamento e sim por aditivo, como uma alteração qualitativa do contrato, respeitado o limite de 25% sobre o valor inicial atualizado do contrato. Mas para isso deveria haver uma justificativa bem robusta comprovando a vantajosidade, no mínimo, em relação a fazer nova licitação, contratar outra emergencialmente, contratar outras empresas que participaram do certame para atender ao remanescente do contrato. Inclusive não só quanto a valores, mas também se há prazo hábil para tal. Após esse estudo, submeter a manifestação da consultoria jurídica.
Em resumo acho difícil conseguir, mas talvez seja um blefe, então, faça sua parte, encaminhe o pedido para análise jurídica, provavelmente virá dizendo que não pode e submeta isso a empresa, dizendo que tentou mas não é possível, se eles estiverem jogando vão aceitar a renovação, mas isso não é garantido, então é melhor você ter um plano B, ir fazendo uma instrução em paralelo para contratação, se tiver tempo licitar ou então emergencial, para que o serviço não seja descontinuado, se for essencial para seu órgão.