Qualificação c/c diligência

Prezados,
Sempre acompanho situações onde a Comissão de Licitação e até alguns pregoeiros decidem inabilitar um licitante que possui todos os documentos de habilitação, mas por desídia, acabam por não apresentá-los corretamente.
No caso em questão, o edital exigia comprovação, por meio de atestados, por prazo de 1 ano e a empresa confundiu o documento, e apresentou o atestado comprovando somente 3 meses.
Ocorre que o licitante informou por telefone que o prazo de 3 meses, importa em várias prorrogações do Contrato, ultrapassando mais de 1 ano, o que atenderia o Edital.
Aqui é reside o problema.
É correto efetuar uma diligência para sanar o atestado, pois se houve aditivos ao Contrato, embora não apresentados, constituiria motivo suficiente para inabilitar o licitante.
Penso que a inabilitação é medida obrigatória, embora não é o que desejo.
Alguém já enfrentou um caso prático assim?

Natanael