@Telma_Moraes, recomendo a leitura desse tópico do Nelca a respeito das correntes de pensamento sobre a planilha de custos durante a execução contratual:
Basicamente, há quem defenda pagar conforme os custos efetivos da contratada e quem advogue pelo caráter mais instrumental da planilha, considerando mais relevante o preço global acordado, sendo os resultados mais importantes que os itens individuais de custo.
Se você já decidiu pelo caminho de glosar, então me parece lógico o roteiro que você desenhou.
Acredito que aí entra o fator negocial, no caso de retroatividade e utilização de crédito em favor da Administração em faturas futuras. Se for solicitado e a empresa concordar, não vejo problemas. Bastaria incluir em Termo Aditivo ao Contrato.
Concordo que a Planilha de Custos e Formação de Preços é uma referência, mas essa referência pode mostrar que há custos que podem ser reduzidos, como os custos fixos não renováveis, materiais eventualmente dimensionados a maior etc. Identificados tais custos, estes podem ser reduzidos.