Sugiro verificar se no balanço anexado no SICAF consta o documento ausente (às vezes as empresas anexam documentos lá e deixam de anexar no comprasnet).
Agora, se o documento realmente não tiver sido enviado previamente, tem o caminho “seguro” de inabilitar a empresa por não ter enviado toda a documentação de habilitação, e o caminho inovador, de permitir a juntada posterior de documento que ateste condição pré-existente. Para mais informações, sugiro a leitura do seguinte tópico: