@Enio_Santos vou dar aqui minhas contribuições:
a) os percentuais de 12,10% e 4% estão na IN 5/2017, mas não como obrigatório na estimativa e sim como valores a serem provisionados para a conta vinculada.
Assim como disseram acima, quanto a férias + 1/3, se a empresa usar 8,333+2,777 = 11,11 não vejo problema.
Quanto a multa, ela é calculada sobre os valores depositados na conta do FGTS + rendimentos, se o percentual do FGTS é 8%, e a multa é de 40% desse valor, então chegamos ao 3,20% que a empresa ofertou. Então acho que esse 4% e muito conservador, pois a conta do FGTS tem juros mas o da conta vinculada também. Mas como a IN exige, agente retém assim.
Então em ambos os casos, se o restante da planilha é exequível e perante a ciência da empresa de que os valores previstos na IN 5 serão provisionados, não vejo problema.
b) quanto ao VT, isso geralmente ocorre quando a remuneração é alta e o valor do desconto é maior que o a receber pelo funcionário. Se não for este o caso, pediria como descrito pelo @Luan_Lucio informações sobre a recusa dos funcionários ou de que a empresa providenciará o transporte, pois quem um sã, consciência, iria recusar receber dinheiro.
c) geralmente as empresas usam 1,94 no APT e não no API, mas tirando isso, como após 1 ano o funcionário passa a ter direto a mais 3 dias de aviso prévio, acho plenamente justificável esse percentual na planilha, como se fosse uma continuidade do contrato anterior. A atual contratada tem vantagem, sim acho, mas se ela colocasse o 1,94% em tese você estaria gastando mais que o valor real necessário para cobrir os custos do contrato, não que isso fosse impeditivo, pois a planilha é apenas instrumental, e o percentual tirado dali está em outros intenso da planilha. O que é preciso alertar a empresa é que, se ela quiser ratificar este percentual, caso haja eventuais demissões, este percentual não poderá voltar ao 1,94% pois aí sim, haveria uma afronta a competitividade da licitação.
d) penso não haver problema algum, pois ela, em tese, está aplicando percentuais maiores na planilha, assim como citei acima, se reduzisse os percentuais para os equivalentes ao do Simples e transferisse para o lucro, o valor da proposta seria o mesmo, então não há o que contestar.
Dito isto, afirmo que não julgamos itens individuais e sim propostas, se o preço ofertado é compatível, e os percentuais não são absurdos, segue o jogo. Mesmo assim, quando vem alguma proposta assim meio diferente, pego minha planilha e a da empresa e mudo a remuneração (simulando uma repactuacao), se o meu der maior, vejo que não há mesmo o que questionar, apenas informar, porém se a empresa não quiser, é um direito dela.