Matheus!
Quem elabora a planilha de custos estimativos é a Administração e não as empresas. Dá uma revisada bem detalhada na IN 5/2017: https://www.comprasgovernamentais.gov.br/index.php/legislacao/instrucoes-normativas/760-instrucao-normativa-n-05-de-25-de-maio-de-2017
Para elaborar a planilha, você vai atrás de fontes de preços para cada um dos custos da planilha.
Os relacionados à remuneração você tira do instrumento coletivo que vocês acharem mais adequado ao objeto do contrato. Você acha os instrumentos coletivos vigentes no site Mediador (CCT, ACT, DCT, SN etc): http://www3.mte.gov.br/sistemas/mediador/
Os demais custos estimativos levantados com base em estatísticas, como licenças etc, você tira dos cadernos técnicos do objeto licitado ou de um similar: https://www.comprasgovernamentais.gov.br/index.php/cadernos
E os demais custos como lucro e despesas indiretas, você consegue pesquisar em planilhas de serviços terceirizados de sua região. Você acha no Compras as planilhas das propostas das últimas licitações, como anexos de proposta: http://comprasnet.gov.br/acesso.asp?url=/livre/pregao/ata0.asp
Para os insumos que porventura existam em sua planilha, como material de limpeza, uniforme etc, use as fontes normais de pesquisa, previstas na IN 5/2014: https://www.comprasgovernamentais.gov.br/index.php/legislacao/instrucoes-normativas/301-instrucao-normativa-n-5-de-27-de-junho-de-2014-compilada