Se a licitação foi disputada por itens isolados, costuma se entender que cada item é uma licitação independente. Assim, o mais comum é realizar a habilitação para cada item, separadamente.
Mas confesso que parece uma solução bem útil o edital prever que a habilitação seria realizada com base no somatório dos itens ganhos por cada empresa. Só não sei se seria juridicamente aceitável. Salvo engano tem julgado do TCU contrário a isso.