Olá @Vania_Gaebler,
Após ter passado por essa mesma questão (apenas na teoria), acabei incluindo nos IMRs que elaboro os procedimento exatos a serem tomados, mas que como não deve haver uma previsão no seu TR, talvez o melhor seja um consenso com a contratada.
Primeiro cabe esclarecer o que você quis dizer quanto a “a contratada não faz a substituição e a funcionária atrasada”. Esta funcionária atrasada seria um colaborador volante ou o próprio colaborador residente? Vou entender que seria o volante se atrasando, pois se fosse o residente caberia apenas o controle de jornada, conforme cada caso.
Aqui, também determinamos a tolerância de 2 horas para as coberturas nas ausências. Caso a empresa envie/“reponha” depois desse prazo, independentemente do horário, cabe ao fiscal técnico anotar em seus registros (de preferência na nova funcionalidade do ComprasNet-Contratos) e solicitar manifestação da contratada para possível sanção (a depender da justificativa, custo desse controle, reincidência, etc). Obs: Nunca passamos por este caso.
Já no caso de não enviar um substituto, aí o nosso IMR já dispõe sobre a glosa automática (valor mensal do posto sem ocorrência ÷ dias úteis [a fim de que se não enviar ninguém durante 1 mês, o valor a ser pago seria zerado]), mas que concomitantemente caberá ao fiscal técnico realizar os mesmos procedimentos citados acima no caso de reincidência e prejuízos graves aos serviços.
O ideal é que a Administração Pública não trabalhe com glosas de horas, pois o custo desse controle é muito grande. Entendo que o melhor seria seguir um fluxo como este:
Se o seu Contrato optou pela modalidade de Fato Gerador, daria para seguir essa imagem. Já se CV, apenas ignorar o fluxo do Fiscal Administrativo.