Estou a pouco tempo trabalhando com compras, então não sou a pessoa mais qualificada para responder, mas vou dar minha opinião.
Acredito que não houve fracionamento. O fracionamento de despesa ocorreria com vistas a evitar uma modalidade mais ampla de licitação, possibilitando a dispensa.
Como no caso você utilizou o Pregão, não se caracteriza a intenção de burlar a modalidade de licitação aplicável. Olha esse Entendimento do TCU:
“É vedado o fracionamento de despesa para adoção de dispensa de licitação ou modalidade de licitação menos rigorosa que a determinada para a totalidade do valor do objeto a ser licitado. Lembre-se fracionamento refere-se à despesa.”
Assim, a meu ver, não ocorreu o fracionamento.
O que pode ocorrer seria a perda da economia de escala.O que também pode ser afastado, provando-se que a licitação por itens é mais vantajosa. Na verdade, eu entendo que a regra é a licitação por itens, e a licitação por lote é que necessita de justificativa especial. Nesse sentido:
SÚMULA Nº 247-TCU. É obrigatória a admissão da adjudicação por item e não por preço global, nos editais das licitações para a contratação de obras, serviços, compras e alienações, cujo objeto seja divisível, desde que não haja prejuízo para o conjunto ou complexo ou perda de economia de escala, tendo em vista o objetivo de propiciar a ampla participação de licitantes que, embora não dispondo de capacidade para a execução, fornecimento ou aquisição da totalidade do objeto, possam fazê-lo com relação a itens ou unidades autônomas, devendo as exigências de habilitação adequar-se a essa divisibilidade.