Eu certamente solicitaria a certidão atualizada como complementação da documentação, caso não fosse possível emitir no site, ainda que tivesse sido juntada já com data vencida em relação a data do pregão, já que essa complementação não representaria prejuízo à Administração, o que certamente a desclassificação e a consequente análise e aceitação das propostas subsequentes (em valores maiores) representariam.
Só não aceitaria caso o licitante precise incluir um documento novo, o qual não constava qualquer versão incluída.
Tenho muito cuidado com essa questão do formalismo. Ao que tenho notado, a jurisprudência do Tribunal de Contas da União - TCU tem apresentado certa predileção pelo saneamento antes de se desclassificar propostas. Embora não tenha valor de norma, é um importante parâmetro de análise quando se trata de posições reiteradas:
Não cabe a inabilitação de licitante em razão de ausência de informações que possam ser supridas por meio de diligência, facultada pelo art. 43, § 3º, da Lei 8.666/93, desde que não resulte inserção de documento novo ou afronta à isonomia entre os participantes. (Acórdão 2873/2014 - Plenário)