Cláudia,
Quem dá folga ou gerencia banco de horas de funcionários de forma alguma pode ser a Administração, por expressa vedação na IN 5/2017-SEGES/MP:
Art. 5º É vedado à Administração ou aos seus servidores praticar atos de ingerência na administração da contratada, a exemplo de:
I - possibilitar ou dar causa a atos de subordinação, vinculação hierárquica, prestação de contas, aplicação de sanção e supervisão direta sobre os empregados da contratada;
II - exercer o poder de mando sobre os empregados da contratada, devendo reportar-se somente aos prepostos ou responsáveis por ela indicados, exceto quando o objeto da contratação previr a notificação direta para a execução das tarefas previamente descritas no contrato de prestação de serviços para a função específica, tais como nos serviços de recepção, apoio administrativo ou ao usuário;
III - direcionar a contratação de pessoas para trabalhar nas empresas contratadas;
IV - promover ou aceitar o desvio de funções dos trabalhadores da contratada, mediante a utilização destes em atividades distintas daquelas previstas no objeto da contratação e em relação à função específica para a qual o trabalhador foi contratado;
V - considerar os trabalhadores da contratada como colaboradores eventuais do próprio órgão ou entidade responsável pela contratação, especialmente para efeito de concessão de diárias e passagens;
VI - definir o valor da remuneração dos trabalhadores da empresa contratada para prestar os serviços, salvo nos casos específicos em que se necessitam de profissionais com habilitação/experiência superior a daqueles que, no mercado, são remunerados pelo piso salarial da categoria, desde que justificadamente; e
VII - conceder aos trabalhadores da contratada direitos típicos de servidores públicos, tais como recesso, ponto facultativo, dentre outros.
Se o órgão não teve funcionamento, me parece razoável não exigir da empresa a execução do contrato neste período, já que quem decidiu fechar o órgão foi a Administração. A empresa não abandonou a execução do objeto do contrato.
Mas isto não significa de forma alguma que a Administração tem que cuidar de banco de horas ou gestão de ponto dos terceirizados. Isso é um prato cheio para ação trabalhista depois, pois caracteriza poder de mando sobre os terceirizados.