A Administração está vinculada ao edital, e não deve prever que a opçãopelo Simples seja motivo para desclassificação ou inabilitação.
Não há amparo legal para isto. Mas assim que assinar o contrato, compete ao órgão notificar a empresa por escrito, dando prazo para ela COMPROVAR a regularização da sua situação, e desde já o órgão deve fazer as retenções sem considerar a alíquotas do Simples. Se a empresa não se desenquadrar, entendo que cabe notificar ao órgão de fiscalização responsável por isto, qual seja a Receita Federal.
Cabe até mesmo instaurar um processo administrativo para apurar a eventual responsabilidade da empresa, mas não entendo que seja o caso de rescisão obrigatória, apesar de ser possível a rescisão ao término do processo administrativo de responsabilização.
Se manter este contrato até o final de sua vigência, pode não ser possível prorrogar. Mas se rescindir, pode ser possível contratar diretamente outra empresa para assumir o remanescente contratual não executado.