A primeira coisa que precisa ficar MUITO clara é que a estimativa de preços feita pela Administração nunca poderá resultar em qualquer obrigação para a empresa em relação ao seu enquadramento sindical ou ao instrumento coletivo que ela vai usar em sua proposta. Quem fixa as regras para o enquadramento sindical é a CLT e não o edital. E os empregados dela possuem direito aos benefícios advindos do enquadramento sindical da empresa, conforme sua atividade preponderante (que tem relação com a quantidade de empregados alocados e não com a descrição do cargo no edital).
Assim, presumindo que lá na licitação vocês conferiram o enquadramento sindical da empresa e concluíram que estava correto, passa a valer a data base da categoria prevista no instrumento coletivo adotado na proposta. O interregno de um ano é contado daí e não de qualquer outra data, como por exemplo a data da licitação, a data constante da proposta, a data de assinatura ou de entrada em vigor do contrato. Nenhum desses marcos temporais se presta a iniciar a contagem do interregno de um ano, para fins de repactuação, mas unicamente a data base da categoria.
Se a data base deles é 1º de abril, então, o interregno de um ano completou-se em 31 de março de 2021, sendo devida a repactuação a partir de 1º de abril de 2021.
Outro ponto: não pode confundir o direito dos funcionários dela em receberem nos novos valores, com o direito dela em repactuar o contrato. Ela é obrigada a pagar a nova remuneração e benefícios independentemente da concessão da repactuação. Portanto, assim que ela pedir, processem isto com a máxima urgência, pois a demora pode inviabilizar financeiramente o contrato e prejudicar a própria Administração, que ficaria sem os serviços contratados.
A questão do parágrafo único citado me parece valer para a relação da empresa com seus funcionários. Se ela adiantou o pagamento de alguma parcela mesmo antes da CCT, ela tem o direito de compensar isso na folha de pagamento dos seus empregados. Mas não muda nada no contrato em si.