Um breve resumão.
Tem como pagar, e é exatamente para isto que existe a conta vinculada, você retém e garante os recursos como medida de mitigação de risco de condenação subsidiária na justiça trabalhista.
Entendo que o prazo está especificado lá na IN 5/2017, art. 65, parágrafo único:
Parágrafo único. Na hipótese prevista no inciso II do caput,não havendo quitação das obrigações por parte da contratada no prazo de quinze dias, a contratante poderá efetuar o pagamento das obrigações diretamente aos empregados da contratada que tenham participado da execução dos serviços objeto do contrato.
Da conta vinculada, só podem sair as rubricas já mencionadas, as quais ela resguarda (férias, 1/3 de férias, 13o e rescisão), e os tributos decorrentes destas verbas. Negrito esta parte porque possivelmente haverá recursos suficientes para tudo, mas se por algum erro de cálculo não houver, é preciso analisar exatamente o que ocorreu e como ocorreu para poder ter certeza.
Outra questão muito importante: ter um controle rigoroso de quem foram os funcionários que efetivamente laboraram no seu contrato e o tempo exato que ficaram, e de maneira que possa gerar condenação subsidiária, na caracterização da DEMO (dedicação exclusiva de mão de obra). Um empregado que cobre algumas poucas faltas ou férias não é. E se enquanto temporário, depois veio a ser efetivado, considerar apenas o tempo efetivo.
Da operacionalização.
Se a contratada mantém diálogo, ótimo. Facilita MUITO a sua vida. Solicite a ela a emissão dos documentos rescisórios (a maioria você não vai conseguir), e das guias para recolhimento de tributos. O “chato”, dado os prazos, é a GRF e a GRRF (guias de recolhimento ao FGTS, convencional e rescisória, respectivamente). Esta peça para ser emitida só quando os recursos já estiverem liquidados e prontos para usar.
De toda a forma, verifique os cálculos, e pague somente o proporcional ao período em que cada funcionário esteve efetivamente vinculado ao seu contrato.
Caso a contratada não produza os documentos, o que eu faria: solicitaria apoio ao sindicato da categoria, mandaria uma planilha com as informações dos funcionários, para que eles apresentassem o cálculo. Sobre os tributos, como não posso emitir as guias de terceiros, oficiaria Caixa e RFB para terem conhecimento dos recursos disponíveis em eventual execução.
Feitos os pagamentos, se sobrar alguma coisa, a fiscalização contratual deveria fazer um “pente fino” para ver se não ficou nada para trás, até recorrendo, se possível, a amostragem das informações do fgts e previdenciárias de alguns funcionários.
Estando tudo “certo”, liberaria o restante dos recursos para a contratada. Qualquer mínima restrição, não, até a prescrição trabalhista. Contratos assim tem uma grande chance de virar ação lá na frente.