Olá. Essa sua dúvida é bastante recorrente. No cálculo deve somente considerar os créditos descontados! As retenções são contribuições devidas pela empresa que ela irá apurar o que falta posteriormente, então não faz sentido usá-la como um crédito, afinal, ela está pagando o tributo, ainda que não diretamente (via substituição tributária).