Olá!
O benefício é válido apenas enquanto a condição de ME/EPP estiver em vigor. Assim que o limite de faturamento for ultrapassado, a empresa não poderá mais usufruir do tratamento jurídico diferenciado.
Se, durante a disputa, vocês forem convocados em situação de empate ficto sem terem ultrapassado o limite de faturamento, não vejo problema. No entanto, se o faturamento for ultrapassado no decorrer do processo e vocês forem convocados para oferecer um lance em situação de empate ficto (devido a eventuais desclassificações), seria inadequado se beneficiar da condição, sabendo que não é mais aplicável.
De qualquer forma, a lei 14133/21 já prevê mecanismos para que, nos certames, seja verificado se a empresa detém contratos com a administração pública cujos valores somados poderão ultrapassar o limite de 4,8 MI. Pode ser que da simples análise do montante de contratos a empresa já não possa mais usufruir do benefício, então fique de olho porque não é só faturamento que importa, mas a expectativa dele também. Veja mais aqui: Faturamento de ME/EPP - Licitações - #10 de Alok
Em resumo, a declaração no sistema considera o momento em que foi feita.