@andressa.cavalin,
Cada ente federativo tem competência para regulamentar a fiel execução da lei, assim como normatizar a operacionalização de aspectos práticos, como é o caso do assunto tratado na IN 5/2017.
Como você bem observou, a própria IN delimita a sua aplicação, já que ela foi expedida pelo órgão central do SISG, que só tem competência para normatizar o tema para os órgãos federais do SISG.
Só para você ter uma ideia melhor, o TCU, por exemplo, integra a União mas não se subordina aos normativos da SEGES. O mesmo ocorre com as Forças Armadas.
No entanto, mesmo que não sejam obrigados a seguir os procedimentos das normas operacionais do SISG, os entes federados e órgãos não SISG têm autonomia para, querendo, adotá-los. Não porque são obrigados, mas porque acharam uma boa prática.
Tal adoção deve ser feita formalmente, por ato próprio expedido por autoridade competente no âmbito de cada ente federativo, como é o caso, por exemplo, deste Decreto do Distrito Federal, que adotou formalmente a IN 5/2017 para os contratos distritais:
Dispõe sobre a aplicação, no âmbito da Administração Pública Direta e Indireta do Distrito Federal, da Instrução Normativa nº 5, de 25 de maio de 2017, da Secretaria de Gestão do Ministério do Planejamento, Desenvolvimento e Gestão.
O GOVERNADOR DO DISTRITO FEDERAL, no uso das atribuições que lhe confere o art. 100, incisos X e XXVI, da Lei Orgânica do Distrito Federal, DECRETA:
Art. 1º Aplicam-se às contratações de serviços, continuados ou não, no âmbito da Administração Pública Direta e Indireta do Distrito Federal, no que couber, as disposições da Instrução Normativa nº 5, de 25 de maio de 2017, da Secretaria de Gestão do Ministério do Planejamento, Desenvolvimento e Gestão.
Art. 2º Os contratos formalizados anteriormente à publicação deste Decreto e que não se conformem com o disposto no Anexo VI-B da Instrução Normativa de que trata o artigo anterior, podem ser renovados em conformidade com as regras editalícias e a legislação de regência.
rt. 3º Este Decreto entra em vigor 90 dias após a data de sua publicação.
Art. 4º Revogam-se as disposições em contrário, em especial o Decreto nº 36.063, de 26 de novembro de 2014.
Brasília, 15 de março de 2018
130° da República e 58° de Brasília
RODRIGO ROLLEMBERG
Assim também, estados e municípios que queiram adotar normativos federais, devem incorporá-los formalmente ao ordenamento jurídico local, dando segurança jurídica aos gestores, que não têm competência para determinar o uso destes normativos, e são desassistidos por não existirem normativos locais. Tenho visto muito gestor inadvertidamente adotando regulamentos federais, usurpando competência legal da autoridade competente no âmbito daquele ente. Isto me parece bem inseguro juridicamente. Desaconselho fortemente!