A adequação contratual à qual se refere a IN é feita sempre mediante Termo Aditivo e não via glosa de faturas.
Não vejo qualquer amparo legal para a glosa neste caso, já que a planilha não é uma lista de compras e sim uma mera estimativa, que não obriga a empresa a executar exatamente o que está ali listado e nem determina o valor a ser pago a ela. Para isto tem o IMR.