Antes de tentar contribuir, @Natanael, conta mais pra gente sobre os motivos e detalhes dos pedidos de impugnação do passado e especiamente os julgados do Judiciário em desfavor da glosa.
Pergunto porque a glosa pode ser questionada se não estiver claramente definida e prevista nas regras da contratação.
Por exemplo, na IN 05/2017, está previsto que a coisa deve ficar definida ainda na licitação:
Art. 63. A contratada deverá arcar com o ônus decorrente de eventual equívoco…
§ 1º [isso vale para] custos variáveis… [ e incertos como] vale-transporte.
§ 2º [se a estimativa for maior que as] necessidades da contratante, a Administração deverá efetuar o pagamento seguindo estritamente as regras contratuais de faturamento…
A Professora @FlavianaPaim respondeu a um tópico similar:
Um dos cenários que ela sugeriu foi
prever que este item será pago conforme a medição (utilização pela empresa) (e não como glosa). Neste caso todo mês juntamente com aferição de qualidade do serviço prestado ao aplicar o IMR, também se verifica o custo com VT pago pela empresa e a empresa recebe até limite da sua proposta.