Rafael!
O seu caso me parece ser de subdimensionamento de quantitativo de itens na planilha.
Na revogada IN 2/2008 constava que:
Art. 23. A contratada deverá arcar com o ônus decorrente de eventual equívoco no dimensionamento dos quantitativos de sua proposta, devendo complementá-los, caso o previsto inicialmente em sua proposta não seja satisfatório para o atendimento ao objeto da licitação exceto quando ocorrer algum dos eventos arrolados nos incisos do § 1º do art. 57 da Lei nº 8.666, de 1993.
§ 1º O disposto no caput deve ser observado ainda para os custos variáveis decorrentes de fatores futuros e incertos, tais como os valores provido com o quantitativo de vale transporte. (Redação dada pela Instrução Normativa 04, de 11 de novembro de 2009)
§ 2º Caso a proposta apresente eventual equívoco no dimensionamento dos quantitativos que favoreça a contratada, este será revertido como lucro durante a vigência da contratação, mas poderá ser objeto de negociação para a eventual prorrogação contratual. (Incluído pela Instrução Normativa nº 3, de 16 de outubro de 2009)
Já na IN 5/2017, que revogou a anteriormente citada, consta que:
Art. 62. O fiscal técnico, na fase da execução contratual, ao verificar que houve subdimensionamento da produtividade pactuada, sem perda da qualidade na execução do serviço, deverá comunicar à autoridade competente do setor de licitações para que esta promova a adequação contratual à produtividade efetivamente realizada, respeitando-se os limites de alteração dos valores contratuais previstos no § 1º do art. 65 da Lei nº 8.666, de 1993.
Art. 63. A contratada deverá arcar com o ônus decorrente de eventual equívoco no dimensionamento dos quantitativos de sua proposta, devendo complementá-los caso o previsto inicialmente em sua proposta não seja satisfatório para o atendimento ao objeto da licitação, exceto quando ocorrer algum dos eventos arrolados nos incisos do § 1º do art. 57 da Lei nº 8.666, de 1993.
§ 1º O disposto no caput deve ser observado ainda para os custos variáveis decorrentes de fatores futuros e incertos, tais como os valores providos com o quantitativo de vale-transporte.
§ 2º Caso o eventual equívoco no dimensionamento dos quantitativos se revele superior às necessidades da contratante, a Administração deverá efetuar o pagamento seguindo estritamente as regras contratuais de faturamento dos serviços demandados e executados, concomitantemente com a realização, se necessário e cabível, de adequação contratual do quantitativo necessário, com base na alínea “b” do inciso I do art. 65 da Lei nº 8.666, de 1993.
Note que da IN 2 para a IN 5, alterou a questão da empresa incorporar o superdimensionamento como lucro até a prorrogação do contrato. Mas, de toda forma, não mudou o fato que em caso de subdimensionamento, a empresa se responsabiliza por arcar com eventual diferença de valor a maior em seus custos, não podendo pedir a recomposição em momento algum ao longo de todos os períodos de vigência do contrato.
Mas observe, porém, que a Lei 8.666/1993 fixa que:
Art. 48. Serão desclassificadas:
II - propostas com valor global superior ao limite estabelecido ou com preços manifestamente inexeqüiveis, assim considerados aqueles que não venham a ter demonstrada sua viabilidade através de documentação que comprove que os custos dos insumos são coerentes com os de mercado e que os coeficientes de produtividade são compatíveis com a execução do objeto do contrato, condições estas necessariamente especificadas no ato convocatório da licitação. (Redação dada pela Lei nº 8.883, de 1994)
Assim, como se trata de fase se licitação ainda, sugiro que notifique à empresa para que comprove DOCUMENTALMENTE a exequibilidade do preço ofertado, como manda a lei.
E mesmo que reste dúvida ao final da comprovação de exequibilidade, eu não recusaria de plano a proposta sem um outro motivo suficientemente forte, já que na execução do contrato ela teria que honrar tal preço, sem ter direito à recomposição desse custo.