@RaquelTrombini de uma olhada no comentário do @ronaldocorrea em outro tópico, onde traz que a CCT não precisa de homologação pra entrar em vigor.
Agora vou dar minha opinião sobre seu caso, salientando que nunca passei por isso.
Na letra fria da lei, sim, principalmente se a empresa não está pagando estes benefícios, aí caberia o ajuste retroativo.
Eu verificaria se a empresa continuou pagando, questionaria o motivo e mandaria, pelo que rege a CLT, suspender de imediato o pagamento, e tiraria este benefício da planilha dali em diante, afinal, em tese, se a administração cobrar da contratada, ela poderá fazer o mesmo com o funcionário, e este, o elo mais fraco, que não teve culpa alguma na história, acabaria pagando pelo erro cometido pela administração/empresa, desde que é claro ninguém tenha agido de má fé
Só verifique nos pagamentos se ela irá descontar mesmo assim.
Acredito que podem haver outras correntes de que se deve descontar e pronto, porém acredito que para gerir um contrato é necessário agir com bom senso, eu prezo muito pelo bom relacionamento com as contratadas, e uma atitude, as vezes enérgica em demasia, pode causar rupturas em um bom contrato, e causar mais problemas e prejuízos do que o valor discutido.
Além disso o gestor agiria com prudência, pois ao tomar conhecimento do fato, determinou a imediata suspensão do pagamento.