Entendo que as demandas de suprimento de fundos com base no art. 45, inciso III, do Decreto 93.872/1986 (para atender despesas de pequeno vulto), devem sim ser lançadas no PGC e estão sim relacionadas ao valor da dispensa de licitação, a medida que repercute na questão do fracionamento de despesas como fuga ao processo licitatório, como bem elucidado no Acórdão TCU nº 2.557/2009 - Plenário e na Macrofunção 021121 - Suprimento de Fundos.
Aliás, só se saberá que se se trata de despesa de pequeno vulto se o item estiver dimensionado no planejamento anual, uma vez que a utilização dessa modalidade requer comprovação de que as despesas no exercício não passarão dos limites estabelecidos na Portaria MF nº 95/2002 para aquele item de despesa, conforme abaixo elucidado:
Sem Cartão de Pagamento do Governo Federal - CPGF:
Obras e serviços de engenharia: 825 reais
Para outros serviços e compras em geral: 440 reais
Com Cartão de Pagamento do Governo Federal - CPGF:
Obras e serviços de engenharia: 3.300 reais
Para outros serviços e compras em geral: 1.760 reais
Caso a despesa naquele item de despesa ultrapasse os valores acima, não há que se falar em suprimento de fundos, cabendo portanto dispensa de licitação em razão do pequeno valor, se a despesa não ultrapassar 17.600 reais.
Lembrando que, conforme a Macrofunção 021121 - Suprimento de Fundos, Manual do SIAFI, que possui força normativa, nos termos da Portaria STN/MF nº 833/2011, o fracionamento indevido de despesas como fuga ao processo licitatório não é caracterizado pela mesma classificação contábil em qualquer dos níveis, mas por aquisições de mesma natureza funcional.
No caso do utilização do suprimento de fundo com base nos incisos I (despesas eventuais de pronto pagamento) e II (despesas de caráter sigiloso), do art. 45 do Decreto nº 93.872/1986, não vejo necessidade de lançar no PGC. Em relação a primeira, por se tratar de situação em que se exige pronto pagamento, sendo perceptível que o espírito da norma não se compatibiliza com o procedimento da IN SEGES/ME nº 1/2019 (que é ato normativo inferior ao decreto). No caso da segunda, porque é hipótese de exceção na própria IN (art. 14).