Como não existe dispensa de licitação para remanescente na NLLC e a combinação de regimes legais é vedada, tem que usar a dispensa de licitação para remanescente da Lei n° 8.666, de 1993.
A AGU inclusive já expressou esse entendimento em parecer jurídico, conforme se verifica aqui.
Segundo o rodmap da SEGES/MGI, postado aqui no Nelca, essa opção já foi até liberada no SIASG. Dá para cadastrar a dispensa, empenhar, publicar o contrato no PNCP etc, normalmente. Não sei quanto a outros sistemas de compras.