@carlamota!
Pelo que temos na Lei nº 8.666, de 1993, o contrato só pode ser firmado por prazo indeterminado nos casos em que a Administração se coloca como usuária de serviço público ou naqueles regidos predominantemente por norma de direito privado.
Art. 62, § 3o Aplica-se o disposto nos arts. 55 e 58 a 61 desta Lei e demais normas gerais, no que couber:
I - aos contratos de seguro, de financiamento, de locação em que o Poder Público seja locatário, e aos demais cujo conteúdo seja regido, predominantemente, por norma de direito privado;
II - aos contratos em que a Administração for parte como usuária de serviço público.
No caso de contrato de locação, por exemplo, se enquadra no inciso I, pois são regidos pela lei do inquilinato e não pela Lei nº 8.666, de 1993, como vemos inclusive na ON 6/2009-AGU.
Nestes contratos de locação, a Lei do Inquilinato indica que o reajuste será aquele pactuado no contrato. Mesmo que não se aplique a Lei nº 8.666, de 1993, deve ter cláusula de reajuste nestes contratos. Então não deve ser tão complicado operacionalizar, pois seria igual a todos os demais contratos com cláusula de reajuste por índice, onde realizamos anualmente por apostilamento.
Sobre a possibilidade de operacionalizar o reajuste de forma automática, independentemente da solicitação da contratada, há tese jurídica para isto e penso ser possível prever já no contrato.
Sobre os demais contratos, onde a Administração se coloca como usuária de serviços públicos, dificilmente será possível o reajuste por índice, especialmente porque via de regra trata-se de contrato de adesão, onde não temos a prerrogativa de estipular as cláusulas do ajuste. Somente aderimos ao contrato já aprovado pela agência reguladora. E como se trata de serviços públicos, sempre será controlado por uma agência reguladora, e o aumento de preços passa também por avaliação da agência, como é o caso da energia elétrica cujo aumento é autorizado pela Aneel.
Nestes casos, sempre que a agência reguladora aprovar um novo valor, devemos realizar um apostilamento ao contrato para recompor o seu saldo e reajustar os preços. Em regra, assim que aprovado o novo preço pela agência reguladora, a concessionária passa a praticá-lo imediata e automaticamente. Ao receber a fatura do mês com aumento de preços, compete ao fiscal instar a concessionária quanto à aprovação do novo preço pela agência reguladora e formalizar um pedido de apostilamento para o reajuste dos preços. Neste caso não aplicamos índices, mas sim a nova tabela de preços.
Mas, temos exceções, como é o caso dos serviços postais, cujos preços não são necessariamente aprovados por uma agência reguladora (talvez passe a ser após privatizado). Neste caso, precisa verificar se o aumento de preços é legítimo, se foi feito em conformidade com as regras específicas aplicáveis, como por exemplo o regulamento interno da estatal etc. E, da mesma forma, fazer um apostilamento para recompor o saldo do contrato.
Conforme a ON 36/2011-AGU, que você citou, para atualizar o valor estimado, a cada ano o órgão deve levantar a estimativa e providenciar os créditos orçamentários. Para isto, cabe apostilamento também. Mas recomendo que deixe isto muito claro no contrato, para não terem dúvidas.