Você está correto em levantar a dúvida. Algum ajuste será necessário nas normas e/ou orientações e/ou entendimentos sobre critérios de habilitação em contratações DEMO, levando em conta o julgado do STF.
Enxergo outra possibilidade também. Em vez de exigir o CS mínimo como habilitação, deixar a cobrança para a execução contratual. Afinal, o texto do STF diz
“4. Nos contratos de terceirização, a Administração Pública deverá: (i) exigir da contratada a comprovação de capital social integralizado compatível com o número de empregados, na forma do art. 4º-B da Lei nº 6.019/1974”
Isso pode gerar polêmica, tal como está acontecendo com o CADIN (vide esse tópico do Nelca).
Creio que seria saudável questionar formalmente a Seges sobre padronização de procedimentos a serem adotados em função desse julgado do STF.