Para obras com uso de orçamento da União um dos normativos é o Decreto 7983/2013, que preve que obras por empreitada global devem prever limite de preço por etapa (art. 13, § único). É até possível que na proposta um item/serviço da planilha tenha preço unitário maior que o preço de referência, mas ao avaliar uma etapa esse somatório tem que ser menor. O mais comum, mesmo em licitações por preço global, é prever limite por item/serviço, no preço unitário, com certeza, o limite é por item/serviço.
As questões de aceitar preço de proposta de item maior que o preço de referência é tomar cuidado com eventuais aditivos (jogo de planilha) e antecipação de pagamentos (jogo de cronograma), se prever regras no contrato remediando isso é relativamente tranquilo, afinal é o menor preço entre os licitantes e o que se espera da administração é contratar pelo menor preço.
É uma forçação de barra, mas na ausência de previsão no processo, talvez consiga argumentar que a planilha inteira é uma etapa somente, mas assim… estamos no início do ano, talvez seja melhor corrigir o edital.
PS:
Definição de etapa - normalmente entende-se etapa como os macroitens do orçamento: fundações, ou estrutura, ou hidrossanitário, ou instalações elétricas, ou cobertura, enfim… o nível de detalhamento de cada etapa vai depender de cada pessoa, uma pode achar que a etapa elétrica está bom, outra vai querer separar a elétrica nas etapas spda, lógica, iluminação, etc,
Jogo de planilha - o licitante “sente” que eventual item da planilha vai ser aditado e coloca um preço mais alto nesse item na expectativa de obter vantagem no acréscimo de quantidade desse item. O remédio é prever que eventual acréscimo de quantidade de serviço será realizado com base no menor preço entre [1] o preço de referência menos o desconto global da proposta [2] o preço da proposta.
Jogo de cronograma - o licitante coloca preços maiores em serviços que serão executados no início do contrato (fundações, estrutura) e preços menores no fim (acabamentos, paisagismo), com isso ele consegue antecipar pagamentos, numa situação extrema ele executa o início da obra e abandona o contrato. O remédio é prever que os pagamentos serão realizados usando a planilha de referência por base e aplicando o desconto ofertado na licitação (esse na 8666 não tem previsão, é uma forçação de barra, na 8666 não tem licitação por maior desconto).