Na minha visão, como compartilhei neste outro tópico Instrumento de contrato x empenho - #2 de alex.zolet , em caso de Registro de Preços, para se decidir pelo uso do instrumento de contrato ou pela sua substituição (pela nota de empenho), deve-se considerar o pedido, o consumo efetivo, e não o total registrado.
Isso porque para o total registrado já existe o instrumento obrigacional entre as partes: a Ata. Ela que rege as obrigações de cada um e a duração delas durante a vigência.
Já o contrato será o instrumento que vai reger as obrigações de cada pedido. Se em cada pedido a entrega é imediata e integral, não há sentido em firmar contrato.
Imagine que ao longo da vigência da Ata sejam feitos 10 pedidos de entrega de bens, cuja entrega deva ser em 30 dias, sem obrigações futuras. Cada pedido gera um contrato, então haveria 10 contratos para gerenciar, só que eles terminam seu objeto com a entrega do bem. Não serão inseridos no contrato as obrigações relativas à Ata, que regula obrigações futuras, e sim somente as relativas àquela entrega (o contrato não vai regular o que ainda falta consumir, que seriam as obrigações futuras pendentes, e sim somente o que está sendo consumido).
Apenas um complemento em relação a esta questão:
Entendo ser possível sim, mas não há prejuízo se ele for omisso. Como você mesmo colocou, são conceitos diferentes com aplicações diferentes, e o que nos interessa mesmo é o da lei (entrega imediata), não tanto o do mercado (pronta entrega).