@Telma_Moraes, recomendo a leitura desse tópico do Nelca a respeito das correntes de pensamento sobre a planilha de custos durante a execução contratual:
Basicamente, há quem defenda pagar conforme os custos efetivos da contratada e quem advogue pelo caráter mais instrumental da planilha, considerando mais relevante o preço global acordado, sendo os resultados mais importantes que os itens individuais de custo.
Se você já decidiu pelo caminho de glosar, então me parece lógico o roteiro que você desenhou.