@GARRCEZ vamos por partes. Primeiramente extraí a definição de Portaria do Manual de Redação da Presidência da República:
25 Portaria
25.1 Definição e objeto
É o instrumento pelo qual Ministros ou outras autoridades expedem instruções sobre a
organização e o funcionamento de serviço, sobre questões de pessoal e outros atos de sua
competência.
Assim, é o instrumento que irá nortear o funcionamento de certa atividade, no seu caso, da fiscalização contratual. Se ele diz quem faz o que, e é omisso sobre esta possibilidade, seria de bom alvitre deixar claro na instrução, de que em havendo inércia de algum dos elementos, o gestor poderia assumir este encargo, pois quanto mais clara for a instrução melhor para os atores, embora, no meu ponto de vista, o gestor possa fazê-lo, pois o art. 40 da IN 5/2017 traz:
Art. 40. O conjunto de atividades de que trata o artigo anterior compete ao gestor da execução dos contratos, auxiliado pela fiscalização técnica, administrativa, setorial e pelo público usuário, conforme o caso, de acordo com as seguintes disposições:
Logo se vê que a competência é do gestor, já os demais atores o auxiliam no procedimento de fiscalização. Mas como ato da Administração deve ser justificado, há de haver esta justificativa no processo de fiscalização.
Mas entre poder e fazer há uma grande diferença. No caso da fiscalização setorial/técnica, é humanamente impossível que o gestor possa acompanhar a execução do contrato como um todo, ainda mais no seu caso pela configuração da equipe deve ser um espaço gigantesco, e nesse caso, ele não estaria atestando a boa qualidade do serviço, assim ao realizar o procedimento de atesto o gestor estaria simplesmente usando de sua autoridade no contrato para prover meios de autorizar o pagamento e não o de realizar a efetiva fiscalização do contrato.
Quanto a fiscalização administrativa, vejo como menos problemática, se ele possui conhecimento para tal, pode realizar esta fiscalização (que é mais documental) e atestar está condição.
Um detalhe falado pelo @ThiagoMenezes acima é quanto a configuração da equipe, vejo o fiscal setorial como um fiscal técnico avançado, assim não haveria necessidade de nomear tantos fiscais técnicos assim, quando você amplia o número de integrantes acaba gerando esse complicador que vc está passando, muita gente pra assinar. Fiscal técnico, administrativo e gestor bastam 2, um titular e um substituto, se o primeiro não fizer caberia ao segundo, e não restaria ao gestor ter que fazer algo que embora possível não lhe deveria caber.
Já os fiscais setoriais, pode nomear quantos quiser, sempre na mesma linha, titular e substituto, para da mesma forma, ter alguém pra fazer quando um outro não puder, seja por afastamento de doença ou férias, ou simplesmente por falta de iniciativa. Mas a quantidade deve ser avaliada pelo mesmo motivo acima, quanto mais gente pra fiscalizar, mais gente pra atestar.
O mais importante é que a equipe converse, tentar entender o que está acontecendo, e o motivo que está criando estes problemas, falta de motivação, de vontade, de conhecimento/capacitação, nomeação contra a vontade do servidor, medo, etc. Destaco este último pois acredito que seja reflexo de alguns dos fatores anteriores, e é muito comum a frase “eu não vou assinar isso”, logo é preciso entender os motivos antes de se pensar na solução.
Por fim, quando uso o termo atesto quero dizer produzir o relatório de fiscalização, na minha visão o termo atesto não existe na fiscalização de contratos. O fiscal setorial produz um relatório e envia ao fiscal técnico. O técnico envia consolida está informações e produz o relatório técnico, e o envia ao fiscal administrativo. O fiscal administrativo analisa o aspecto administrativo e com base na documentação enviada pela empresa, e ainda, com os subsídios do relatório técnico, emite o relatório de fiscalização administrativa. Segundo a IN 5/2017, cabe a um dos dois emitir o recebimento provisório, se sua equipe for coesa, talvez até os dois possam assinar este termo.
Após enviado, o gestor analisa a documentação produzida e concordando, autoriza a empresa a emitir a nota fiscal. Esse erro é bem comum, em muitos órgãos a empresa já envia a NF junto com os documentos para análise. Se tiver tudo certo, ok a NF será aproveitada, mas se tiver algum desconto, seja pelo IMR ou por faltas, nova NF deve ser emitida. Não é profícuo usar o instituto da glosa, o qual seria pagar valor menor que o da NF, pois a empresa pagaria os imposto pelo valor da NF cheia mas receberia valor menor. Assim, seguindo o fluxo correto, após receber a nota fiscal, o gestor emitirá o recebimento definitivo, e encaminhará para o setor responsável pelos contatos ou pelo pagamento (aí depende governança e da estrutura de cada órgão).
Como se vê o termo atesto não aparece, e também é muito comum que o setor de pagamento, além dos recebimentos provisório e definitivo, exigir o atesto da nota fiscal, o que a meu ver já é realizado no recebimento definitivo. Pode parecer bobeira mas os órgãos, em sua maioria, tem déficit de servidores, então quando fazemos o desnecessário as vezes estamos deixando de fazer algo que se precisa, por isso acho que cobrar uma exigência inexigivel é tomar tempo dos servidores cuja hora de trabalho não é barata.