Creio que sobre este tema haverá diversas divergências /entendimento. E claro que tudo deve ser respondido em conformidade com o que dispõe o seu Edital.
Minha opinião:
a) Eu sou defensor ferrenho de que o percentual de 12,10% é uma aberração e que sempre deveria ser utilizado (na soma geral da planilha) o percentual de 11,11% para férias. Mas se o seu Edital informa que deve ser seguido o que consta na IN 5/2017, creio que deve-se exigir os 12,10% - até mesmo para garantir a isonomia das proposta, pois muito provavelmente, por conjectura, alguém entrará com recurso informando que se utilizasse os mesmos 11,11%, sua proposta seria a mais vantajosa.
Observo que nos editais que tenho feito, o Módulo 2.1-B poderia ser até mesmo “zerado” (a exemplo de um contrato de 12 meses, em que não haveria gozo de férias). Mas que outras rubricas ainda manteriam o percentual de 11,11%.
Quanto ao percentual de 3,20% da Multa do FGTS (que também repulsa à metodologia de cálculo), a empresa deve esclarecer o porquê dessa alteração, e deverá demonstrar - estatisticamente, conforme o caso - seus motivos.
b) Entendo que como o Vale-Transporte se trata de uma exigência legal, não deveria ser zerado esse campo. A exceção, seria se a empresa desmontasse de forma muito clara, inclusive juntando declarações dos colaboradores, etc, além do que foi lecionado no vídeo/aula do tópico Aula AGU sobre planilhas de serviços com exclusividade de mão de obra (01:30:00 em diante)
c) Ainda que eu também seja avesso a utilização desse percentual (de forma genérica), se utilizada a metodologia da cálculo “padrão” (1,94%), entendo que deveria ser aceita essa alteração, visto que a justificativa de ela ser a atual contratada é motivo suficiente para essa redução.
d) Assunto debatido no tópico https://groups.google.com/g/nelca/c/XQueZaW7OI0/m/ZXewISCCBQAJ OU lecionado no site https://www.licitacao.online/tributos-do-simples-nacional
e) Sim, desde que retifique os 12,10% citados no item ‘a’ (a depender exatamente de como consta seu Edital), e junte os documentos comprobatórios do item ‘b’.