É difícil ter uma posição sem conhecer o seu edital, as planilhas atualizadas das propostas/lances e a exata justificativa de seu coordenador.
Outrossim, entendo, smj (deixo para os colegas mais legalistas), que a motivação e decisão de desclassificar uma proposta é exclusiva do Pregoeiro, com base na manifestação do setor demandante.
O que daria pra adiantar é que se deve observar o dispositivo abaixo, durante a fase de aceite das propostas, quanto ao princípio do contraditório, abrindo-se prazo para correição ou justificativas do licitante:
IN 5/2017
ANEXO VII-A
7.9. Erros no preenchimento da planilha não são motivos suficientes para a desclassificação da proposta, quando a planilha puder ser ajustada sem a necessidade de majoração do preço ofertado, e desde que se comprove que este é o bastante para arcar com todos os custos da contratação;
O tópico Taxas de ADM e Lucro negativas traz algumas pontos interessantes a serem analisados.