Marcia, pelo que entendi, a Lei 13979/2020 não obriga a utilização de cotação eletrônica, sendo situação similar a contratação emergencial da Lei 8666/93, porém é evidente que a Cotação Eletrônica deve ser usada, já que sem sombra de dúvidas aumenta a competitividade, porém deve ser levada em conta a urgência que a aquisição demanda.
Provavelmente devido a essa não obrigatoriedade, o Comprasnet não foi atualizado, logo não permite que você coloque como fundamento para a compra a Lei 13979, apenas o 24-II da Lei 8666. Neste ponto, quem tiver mais conhecimento que eu pode informar se o que vai lançado na dispensa tem influencia no empenho, se podemos empenhar por qualquer enquadramento independente do que está na lançado na Dispensa Eletrônica, lembrando que a Lei 13979 não tem limitação de valor, já o art. 24 II tem limitação de R$ 50.000,00 anual conforme a MP 961/2020.
Se o empenho for vinculado ao lançado na cotação, mesmo que a cotação tenha preços menores, acho que não se deve adjudicar a cotação, já que não há obrigação de se contratar, devemos sim lançar uma outra dispensa de licitação (sem cotação), e aí sim, valendo-se da Lei 13979 para a aquisição, podendo usar os valores da cotação na pesquisa de preços.
Penso que se dá pra esperar uma cotação, faça-a, serve para aumentar a competitividade, conseguir melhores preços e ainda para balizar sua pesquisa de mercado, que pode ser a escolhida para a contratação. Na descrição da cotação informe que a aquisição será de X unidades porém devido a limitação do sistema, foi lançado apenas Y, assim você estará passando aos fornecedores a verdadeira demanda, e eles podem utilizar isto para formular a proposta.
Espero ter ajudado. Um abraço.