@Marco_Antonio existe a corrente de que a planilha é um instrumento acessório, e que se não há prejuízos a administração não há problema, mesmo que errada, pois a contratada é responsável por eventuais erros na planilha.
Então não importa pra administração o quanto a empresa lança, desde que o valor global cubra os custos do contrato e seja retido o valor correto.
Logo, não há problema em ajustar a planilha, porém estes itens não são novos e foram esquecidos de ser individualizados pela contratada quando apresentou a proposta.
Então no seu caso, a primeira coisa a fazer é ajustar a planilha inicial lançando estes itens, porém o valor do contrato deverá ser o mesmo, e a contratada deverá diminuir os itens lucro ou custos indiretos até atingir o mesmo valor.
Como o valor será o mesmo, não há nenhuma diferença nos pagamentos já realizados. E feita a correção pode calcular normalmente a repactuação, agora com a planilha correta.
Na sua instrução pode usar a legislação que citei outro tópico: