Erro na emissão de nota fiscal

Bom dia, colegas.
Tivemos um problema em relação à emissão de uma nota fiscal: dois números foram invertidos, gerando uma diferença de pouco mais de 100 reais.
O setor financeiro entrou em contato com a empresa, que aceitou o pagamento a menor.
Não é mais possível alterar a nota, pois ela já está inscrita em restos a pagar.
Nesse caso, é possível fazer o pagamento a menor com o aceite da empresa? Ou existe algum procedimento que podemos usar para a retificação?

Agradeço qualquer ajuda.