@Eduardo_Lima não só pode como deve, se empresa não executou fielmente o contrato esse pagamento nao deve ser realizado. Inclusive a glosa não impede que, em paralelo, seja feita a apuração de possível ou até provável descumprimento contratual, que poderá desencadear a aplicação de outras penalidades a contratada.
Mas há alguns detalhes importantes, já que a IN RFB 1234/2012 indica que a retenção deverá ser sobre o valor da NF:
§ 10. Em caso de pagamentos com glosa de valores constantes da nota fiscal, sem emissão de nova nota fiscal, a retenção deverá incidir sobre o valor original da nota.
Então antes de proceder a glosa alerte a empresa que caso não haja a substituição do material o valor será glosado, podendo ela cancelar a nota atual e emitir outra, não considerando o item incorreto, ou optar por recolher e substituir em tempo compatível o item divergente, para pagamento integral da NF, evidentemente formalizando está anuência da empresa no processo para se resguardar, é claro.
Um detalhe, caso a substituição ultrapasse o prazo limite para entrega, tal anuência deveria ser autorizada pela autoridade competente de seu órgão, nos termos do ART. 57 da 8666/93:
§ 2o Toda prorrogação de prazo deverá ser justificada por escrito e previamente autorizada pela autoridade competente para celebrar o contrato
Como não opero a parte financeira, tenho dúvida sobre a possibilidade da NF poder ser paga parcialmente e após regularizada a situação, o restante ser quitado e talvez seu financeiro tenha essa informação.
Quanto a aceitar item diverso, mesmo que melhor, é prerrogativa da administração aceitar ou não, então caso vocês decidam podem exigir o material nas condições como licitada.