@ecyriaco as respostas a sua pergunta estão descritas na IN 3/2018:
E já foram discutidas em outros tópicos no Nelca como por exemplo o abaixo:
Quanto a penalidade aplicada pelo município, o alcance dependerá de qual foi a aplicada e sua resposta está no Art 34 da IN. Já quanto a pendência junto a RFB faça diligência com a empresa, pois pode haver algum problema com o site, assim como o que está acontecendo atualmente com o sistema Datasus, e se ela realmente não conseguir comprovar a regularidade realmente não há como contratar.