Olá Daniel,
As Autorizações de Funcionamento de Empresa (AFEs) emitidas pela Anvisa especificam a(s) atividade(s) autorizada(s) (fabricar, importar, distribuir [comércio entre Pessoas Jurídicas], transportar, armazenar, dispensar [comércio para Pessoa Física] etc.) bem como a(s) “classe(s)” de produtos sujeitos ao controle sanitário (medicamento, cosmético, saneante, correlato, alimento, etc.).
É por esta razão que as Drogarias (não autorizadas a distribuir, apenas a dispensar) não podem vender medicamentos para órgãos públicos. Somente as Fabricantes e Distribuidoras podem.
A AFE de medicamento é sempre emitida para o CNPJ da matriz, diferentemente da Autorização Especial (AE), documento destinado especificamente a autorizar as empresas a exercerem atividades relativas aos medicamentos de controle especial, que a Anvisa emite uma para cada filial.
A AFE de produtos para saúde (correlatos) é emitida da mesma forma que as AEs, ou seja, uma para cada filial.
AFEs e AE não possuem validade, mas devem estar “ativas” no site Consultas - Agência Nacional de Vigilância Sanitária
As Licenças Sanitárias (também chamadas de Alvarás Sanitários) são emitidas pelos órgãos de vigilância sanitária local (estadual ou municipal) e, além de especificarem as atividades e as classes de produtos, possuem validade.
As Licenças Sanitárias são emitidas individualmente para cada filial.
Se a licitação do seu órgão é para fornecimento de produto sujeito a controle sanitário, então a licitante precisa de a) Licença Sanitária e de b) AFE e/ou AE , as quais devem especificar, no mínimo, a(s) atividade(s) de distribuir e/ou de fabricar (porque esta última já abrange aquela) a classe de produto que se está licitando. Se o edital permite subcontratar a parte do transporte e da armazenagem, então a subcontratada também deve ter AFE, desta vez autorizando a transportar e armazenar.
Resumidamente: o fato de a subcontratada que armazena possuir AFE não possibilita à licitante/contratada deixar de ter AFE.
Pior ainda se o seu edital veda subcontratação, aí é mesmo a licitante que terá de estar autorizada pela Anvisa (ou seja, possuir AFE e/ou AE) e pela VISA (ou seja, possuir Licença Sanitária) a fabricar ou distribuir e a transportar os insumos licitados.
Sobre a subcontratação e o impacto na habilitação/qualificação técnica, vale ler o Lei nº 14.133/2021: possibilidade de subcontratar parcelas de maior relevância ou de valor significativo do objeto da licitação | Blog da Zênite.
Há um FAQ sobre AFE no site da ANVISA: Autorização de Funcionamento (AFE ou AE) — Agência Nacional de Vigilância Sanitária - Anvisa
Nos itens “4” e “5”, da aba “Informações Gerais”, do FAQ, estão listados os casos em que a empresa não precisará ter AFE.