Olá, @Sniap, tentarei contribuir. Vamos por partes.
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Pagamento por material ‘excedente’. Para mim parece bastante claro que deve ser pago o quantitativo efetivamente entregue, seja menos ou mais do que o estimado. É a modelagem definida na contratação. Minha sugestão é negociar com a empresa formalmente, seja para pagar todo o retroativo, parte ou talvez nada, a depender da negociação, considerando que a empresa nunca reclamou. O que eu não recomendo é ficar quieto, tendo ciência da situação. A boa fé nos contratos vale para os dois lados, de quem compra e quem fornece.
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Valor unitário a ser pago. Proposto x efetivo. Novamente, conforme as regras do edital (item 3: “O ressarcimento mensal … será realizado considerando-se … os respectivos custos unitários constantes da proposta comercial”) não vejo dúvida de que os pagamentos se referem ao valor unitário proposto, independentemente do preço constante da Nota Fiscal.
Isso não elimina a possibilidade de negociação, se alguns valores propostos estiverem muito fora da realidade - eu só me preocuparia com os itens realmente relevantes no conjunto total - tomando cuidado de avaliar se não há ‘compensação’, no sentido de que alguns produtos podem estar com preços reais inferiores, como você relatou, mas outros podem estar deficitários. Você não chegou a comentar sobre isso, mas como seria se o papel higiênico fornecido estivesse com preços superiores na Nota Fiscal ao valor vigente da proposta?
Finalmente, recomendo a leitura desse tópico do Nelca, sobre Material de Higiene em Licitação de Serviço de Limpeza e Conservação
Espero ter contribuído.